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LED助力DNA的快速檢測

時間:2024-02-02

聚合酶鏈式反應(polymerase chain reaction,簡稱 PCR)檢測在醫學和生物學研究領域有著廣泛的應用。然而在過去,此類檢測由于耗電量高且檢測結果交付速度緩慢,因而只能在實驗室中進行。加州大學伯克利分校的研究人員開發出了一種基于 LED(發光二極管)的新型聚合酶鏈式反應系統,此系統操作簡便且結果交付速度較快,可被用于即時檢測。

即時檢測:集便利性與快速結果交付于一體

實驗室檢測結果有助于臨床醫生對患者的病情有更深層次的認識,進而為患者制定最佳的治療方法。然而,從檢測開始到獲取檢測結果期間,往往需要一段等待時間——短則幾小時,長則幾天。由于臨床醫生在對患者的病情進行評估之前必須獲得檢測結果,所以這一等待期很可能會延誤患者的治療。

近年來,醫療行業從傳統的實驗室檢測開始向快速的即時檢測進行轉變。即時檢測是指那些操作簡便、可迅速交付檢測結果、便于進行一系列設置,且無使用場合限制(家中、醫院都可以)的檢測方法。隨著患者自己在其健康管理中扮演的角色愈加重要,這些檢測手段加快了臨床醫生的決策過程,有助于他們更迅速地制定出治療方案。正如美國國立衛生研究院在 2010 年報告中指出的那樣,加速檢測過程不僅可以大幅提升醫療效率,還可以解決不同患者健康狀況差異帶來的問題。

一種簡單的血糖檢測方法。圖像由 Karl101 自行拍攝,通過 Wikimedia Commons 共享。

那么如今有哪些即時檢測已經成為現實了呢?血糖檢測、妊娠檢測、食物病原體篩查以及膽固醇篩查就是一些常見的例子。隨著科技的不斷進步,即時檢測已成為越來越多的實驗室進行臨床測試的可行性選擇。聚合酶鏈式反應實驗便是一個例子。

聚合酶鏈式反應實驗的發展

聚合酶鏈式反應是一種通過復制小片段 DNA 來生成滿足分析需求的 DNA 序列的技術。這種 DNA 擴增方法依賴于熱循環。將特定的 DNA 片段暴露于加熱和冷卻的重復循環,其分子大小便會以指數級擴增。

聚合酶鏈式反應技術最早可追溯到 H. Gobind Khorana 和 Kjell Kleppe 于 1966 年發布的研究成果。他們認為可以通過某個過程對 DNA 進行修復復制,即可以通過兩個引物(短核酸序列)及 DNA 聚合酶(通過合成核苷酸來創建 DNA 分子的一種酶)將一個小的合成 DNA 分子復制成同樣的兩個,接著再復制成四個。

美國生化學家 Kary Mullis 以上述的初步研究作為基礎,對混合物進行了重復加熱循環。他發現,DNA 序列可以通過這個循環過程被快速復制,且數量會隨著時間的推移而激增。幾年之后,一種具有熱穩定性的 DNA 聚合酶——Taq 聚合酶被從這一過程中分離了出來。這種 DNA 聚合酶可自動在熱循環儀中完成整個反應過程,使得增殖過程不再需要連續操作。

上圖:聚合酶鏈式反應試管。圖像由 Madprime 自行拍攝,通過 Wikimedia Commons 共享。下圖:將 PCR 試管放入熱循環儀中。圖像由 Karl Mumm 自行拍攝,通過 Wikimedia Commons 共享。

聚合酶鏈式反應過程可以分解為以下步驟:

  1. 將目標 DNA 分子曝露于高溫中,從而使雙鏈 DNA 分子分離為兩條單鏈——這一過程被稱為 DNA 變性。DNA 分子須分離為單鏈才可進行復制。

  2. 降低反應溫度,使引物退火并匹配初始 DNA 鏈的序列。隨后,DNA 聚合酶將與退火引物結合。

  3. DNA 聚合酶以單鏈 DNA 分子與引物作為模板合成了一條新的 DNA 鏈。這一擴增過程將呈指數級增長。

PCR 檢測已被廣泛應用于醫學及生物領域,其中包括 DNA 克隆、基因指紋識別、傳染病檢測與診斷。此類檢測通常耗時約一小時,實驗中使用的加熱器不僅造價昂貴且耗電量巨大。因此,PCR 檢測在過去的一段時間內并未被應用于即時檢測。然而,一項最新的設計帶來了此項技術新進展。

基于 LED 的設計拓寬了 PCR 實驗的應用范圍

加州大學伯克利分校的研究人員將目光轉向了 LED 的力量,希望以此提高傳統 PCR 測試的速度。在他們的實驗中,研究人員將金沉積于具有微流壁的塑料芯片上形成薄膜。這些位于 LED 之下的微流壁被用于支撐 PCR 混合物和 DNA 樣本。作為研究的一部分,研究人員使用 COMSOL Multiphysics 進行電磁仿真,以確定幾何尺寸和材料參數。

將 LED 放置于適當的位置,位于鍍金薄膜與 DNA 溶液界面中的電子便可被成功加熱。這種現象可以用表面等離子體光子學進行解釋,此理論可描述金屬表面光與自由電子之間的相互作用。曝露于光線下的自由電子被激發并開始振蕩,從而產生熱量。當燈光關閉時,自由電子停止振蕩且不再產生熱量。

研究人員發現他們的等離子體 PCR 系統有助于加速熱循環過程,可以在幾分鐘內生成檢測結果。將他們的設計與傳統 PCR 檢測進行比較,研究人員發現這兩種方法都能很好地擴增 DNA 樣本。除了操作簡單、成本低廉、快速交付檢測結果等優勢,這一基于 LED 的系統還可以在實驗室之外的各種環境中進行 PCR 檢測。

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