?? test.m
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% 函數名:test
% 函數介紹:檢驗“基因是差異表達基因,卻沒有被選出”的概率。
% 輸入參數:data是原始基因表達譜數據的歸一化表達量。行是基因,列是樣本。
% m是正常樣本的個數。
% n是腫瘤樣本的個數。
% 輸出參數:p是“基因是差異表達基因,卻沒有被選出”的概率。是單邊檢驗值。
% row是原始表達譜數據中的基因個數。
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function [ p, row ] = test ( data, m, n )
number = factorial ( m + n) / ( factorial ( m ) * factorial ( n ) ) ;%從m+n個數中選出m個的組合個數。是p的分母。
[ row, column ] = size ( data );
for i = 1 : row %gene循環
a = data ( i, : );%a是一個基因的數據
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%求初始秩和。
R = original_ranksum (a, column, m);
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%計算每種組合情況下的秩和。再求出這些秩和大于等于初始秩和的次數。組合是指從m+n個數中選出m個的組合。
[ r , k ] = combination_ranksum ( R, m, number, n );
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p ( i ) = k / number;
end
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%end
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