%TSP問題基本遺傳算法通用matlab程序
%D是距離矩陣，參數a是20城市的坐標，程序包中以帶有，可更改
%n為種群個數
%C為停止代數，遺傳到第 C代時程序停止
%p為交叉率，q為變異率
%n,C,p,q需設定
%R為最短路徑,Rlength為路徑長度
function [R,Rlength]=geneticTSP(D,n,C,p,q,a)
[N,NN]=size(D);

farm=initiate(n,N);%產生初始種群

%初始種群參數計算
len=zeros(n,1);%存儲路徑長度
fitness=zeros(n,1);%初始化適應度函數矩陣
minlen=zeros(1,C);
for i=1:n
    len(i,1)=myLength(D,farm(i,:));%計算路徑長度
end
minlen=min(len);
mindis=minlen;
rr=find(len==minlen);
R=farm(rr(1,1),:);

%種群迭代
  for counter=1:C
    for i=1:n
        len(i,1)=myLength(D,farm(i,:));%計算路徑長度
    end
    maxlen=max(len);
    minlen=min(len);
    fitness=fit(len,maxlen,minlen);%計算歸一化適應值
    if minlen<mindis
    rr=find(len==minlen);
    R=farm(rr(1,1),:);%更新最短路徑
    mindis=minlen;
    end
subplot(1,2,1);
    scatter(counter,mindis);
    hold on
    
%選擇操作
    selection=zeros(n,N);
    selection=select(farm,fitness,n);
    
%交叉操作
    farm1=zeros(n,N);
    farm1=intercross1(selection,n,N,p);
       
%變異操作
    farm2=zeros(n,N);
    farm2=mutation(farm1,n,q,N);
   
%更新種群
    farm=farm2;

  end  

Rlength=myLength(D,R);
subplot(1,2,2);
plotaiwa(a,R);