日治初期，日人對臺灣的氣候適應不良，患病者眾，除改善環境衛生外，也廣設病院。如1895年，日治第一年就於臺北大稻埕創設醫院，隔年又於臺中及臺南設置醫院，但早期的醫院建筑簡陋，待政局趨穩后，才建造正式的醫院。
    到了日治后期，全省各地主要城市大概都有公立大醫院，同時還有專科的區別。常見的是各地的綜合醫院（如臺北臺大醫院、赤十字會病院、新竹醫院、臺南醫院等），其他還有軍醫院（如臺北衛戍醫院）、精神病院（如臺北松山精神病院）、傳染病醫院（如臺北稻江傳染病院），煙毒勒戒所（如臺北大稻埕更生院）及治療麻瘋病患的新莊樂生院等。
    為了培養本地的醫務人員，也成立專門的醫事學校，為臺灣的西醫教育奠定基礎。目前臺大醫學院在臺北仁愛路旁還留有一棟1907年興建的校舍，可以說是早期培育臺灣醫生的搖籃。當時的殖民教育政策，對臺灣學生有所限制，所以許多優秀的人才只好選擇就讀醫校，其比例高達61％。
    醫療設備的不斷進步，使得早期醫院的留存碰到了困難，所以目前完整保留的大型醫院數量很少，像曾是遠東最大的臺大醫院之所以可以繼續使用，主要是因有腹地興建新大樓，解決設備及空間不足的問題。而各鄉鎮的小型診所，有的持續使用，但多數卻在快速的消失當中。