荷西時期，歐洲人進入臺灣，他們為求取經濟上的利益，對原住民展開經濟掠奪。
    清初大量漢族移民涌入臺灣，因爭奪土地，與原住民沖突頻仍，原住民逐漸成為弱勢的一群，居於平地的平埔族很快的被漢人同化，其他的九族則因為地居偏遠，與漢人聯姻的情形較不頻繁，因此仍能維持族群的完整。
    日治時期日人施行高壓統治，造成無數傳述於山間的悲壯故事，不過日人千千巖助太郎深入部落調查建筑，卻又成了日后對原住民建筑研究的重要史料。 臺灣光復后的政策，以把漢族擁有的物質水準直接加諸原住民，當作是一種福利，結果反而加速原住民文化的消失。所謂的文明生活已影響了原住民的居住形態，傳統生活的保存難抵外來洪流。所以現在不容易看到完整的傳統原住民聚落，除了偏遠山區及外島蘭嶼，其他可能只有在山地文化園區之類的地方，可窺其一二。