1903年６月30日，上海警方因《蘇報》刊登章炳麟寫的《革命軍》序，逮捕了章炳麟。第二天，《革命軍》作者鄒容憤而到巡捕房投案。7日，《蘇報》被封閉。 
　　《蘇報》案發生后，章士釗、陳獨秀、謝曉石、張繼等人醞釀出版《國民日日報》，社址設在新閘新馬路梅初里。 
　　梅初里房子分樓上樓下兩層，樓下是印刷場地，編輯住樓上。主筆是章行嚴，陳獨秀、張繼協助，撰述有何梅士、陳去病、金天翮、林解、謝無量、郭湛波等人。靠近窗臺，有兩張木桌，上面堆滿了稿件和各種報紙。進門靠墻一邊有張木床。編輯室來客，常常坐臥于床，和章士釗、陳獨秀縱談一切。 
　　夏天，保定高等學堂的學生吳越、馬鴻亮、金慰農、金燕生等來到《國民日日報》社。聽說吳越是桐城老鄉，陳獨秀十分高興。這次交談，兩人一見如故。 
　　９月初的一日，蘇曼殊（子谷）來了。剛從日本回來的蘇曼殊臉型瘦削，身材單薄，因為衣食無著，便留在編輯部翻譯雨果的《慘社會》，在《國民日日報》上連登。 
　　一天，章士釗指著一疊稿子問蘇曼殊：“子谷，你寫的這些慘狀是《慘社會》原來就有的么？”蘇曼殊伸過頭來看，說：“這是仲甫加上去的。”章士釗搖頭說：“不好。翻譯要講信、達、雅。”陳獨秀不以為然：“現在第一要緊的是把國人從睡夢中叫醒。信達雅的事，等以后沒有事時，再坐下來慢慢譯。” 
　　深秋的一日，已是八九點鐘，陳獨秀還睡在床上，打著呼嚕。“仲甫，起來了。”章士釗叫道。陳獨秀眨了眨眼，問：“幾點了?”“旭日臨窗，少說也是卯時。”章士釗說。陳獨秀從床上坐起，伸出胳膊穿上竹布藍衫。在他的老布襯衣的領口上，有點點白色東西在蠕動，密集無數。章士釗詫異地問：“何耶？”陳獨秀低頭看了看說：“虱爾!”章士釗見陳獨秀若無其事，說：“你不要弄到我的身上來了。”這時，蘇曼殊進來，章士釗指著陳獨秀的襯衣領口給他看，說：“我原以為仲甫是天生的領袖，想不到他還是天生的乞丐。”說罷，三人一起大笑。蘇曼殊拿出譯好的《慘社會》放在陳獨秀的桌上，說：“今天該是行嚴主編稿子，我是專找仲甫來的。”陳獨秀看稿時，用毛筆圈點了幾個字，說：“就這樣吧。 
　　”蘇曼殊說：“加上你的名字吧。”陳獨秀點了一下頭，說：“可以。”用毛筆在蘇曼殊之后，寫上“陳由己”3個字。 
　　年底，上海的黑勢力投訴上海地方當局，指責《國民日日報》“擾害大局”。銷售部經理李少東以報紙賣不出去為由，停發了大家薪水。沒有辦法，只好停刊。 
　　不久，蘇曼殊去香港投靠興中會陳少白，陳獨秀回安慶，大家再次分手。章士釗很珍惜這段歷史，寫詩道：“我與陳仲子，日期大義倡。國民既風偃，字字挾嚴霜。”   
　　安徽俗話報   
　　1904年年初，陳獨秀回到了安慶。 
　　閑時無事，陳獨秀常去桐城學堂坐坐。當時吳摯甫任桐城學堂董事長，房秩五、吳守一任學長。一日，陳獨秀說：“安徽人多躲在鼓里，不知道外面發生的事情。我有一個主張，大家在一起辦一份白話報，讓安徽人通達時事，長點見識。” 
　　大家一聽，都說好。決定吳守一編小說、詩詞，房秩五編教育，陳獨秀是主筆，兼編輯論說、新聞、實業、來文。 
　　陳獨秀給績溪人汪孟鄒的老師胡子承寫信，請他給汪孟鄒寫信，自己也給汪孟鄒寫了一信。收到陳獨秀的來信，胡子承立即給汪孟鄒去信推薦，說：“陳君仲甫擬辦《安徽俗話報》，其仁愛其群，至為可敬、可仰……此事應如何應付，本社諸同志與揀老會面時當可妥商也。”信中所提“揀老”，即周揀臣，其女周物婉與汪稀顏子汪原放已定婚。汪孟鄒寫回信給陳獨秀，說：“蕪湖沒有印刷條件，最好能在上海印出，再運回蕪湖發行。”于是，陳獨秀請章士釗幫助聯系了上海東大陸印刷所。 
　　3月21日，編在安慶，印在上海，發行在蕪湖的《安徽俗話報》第一期問世。 
　　就在這年，陳獨秀的嗣父陳昔凡在東北遇到了一個發財的機會，成了暴發戶。2月8日，為了爭奪我國東三省，日俄戰爭爆發，清廷宣布“局外中立”。當時，日俄雙方都需要馬匹，商人便從蒙古販運大批馬匹到奉天(遼寧)出售，牟取暴利。陳昔凡和其他地方官趁機大抽牲口稅，落入自己的腰包。日俄戰爭后，陳昔凡在奉天購置田地二百畝；在北京琉璃廠附近投資10000兩銀子，開了一間“崇古齋”古玩鋪；在奉天設了一間“崇古齋”分店；在安徽貴池烏沙購地800畝；在安慶四牌樓開有近十家鋪面。陳獨秀辦報缺錢，但不染指陳昔凡。父子倆一個是朝廷命官，一個是反清斗士，已不可同日而語。 
　　盛夏，陳獨秀背著包袱，只身到了蕪湖。當時吳摯甫隨桐城學堂去桐城，房秩五打算去日本留學，所以陳獨秀把報搬到蕪湖去編。科學圖書社在蕪湖長街中段一個閣樓上，汪孟鄒說：“仲甫，我這里清苦得很，每天只有兩頓稀飯。”陳獨秀說：“就兩頓稀飯好了。”好在省內各地設了供銷處，東到上海，南到廣州，北到遼東，都有訂戶，報紙有希望超過3000份。有的讀者不知道是一人辦報，希望把報紙辦成日報。 
　　不久，章士釗來信，希望陳獨秀去上海加入暗殺團。陳獨秀到上海后，章士釗帶他見了楊篤生、陶成章、蔡元培等人。晚上住在暗殺團的秘密機關——英租界新閘路余慶里。陳獨秀未來之前，章士釗已將陳獨秀在安慶效仿蔡元培辦安徽愛國會被通緝，以及辦《國民日日報》、《安徽俗話報》的事告訴了他們。 
　　楊篤生是暗殺團發起人，今年上半年在日本與何海樵等人成立暗殺團。原計劃在北京刺殺西太后，沒有找到機會，回到上海后發展了蔡元培加入暗殺團 。蔡元培時任愛國女校校長，于是又發展了愛國女校教員鐘憲鬯、俞子夷，因為他們懂化學。陳獨秀來了后，楊篤生等人舉行儀式，發展他為暗殺團成員。 
　　在一長簾高掛的房間，正面墻上臨時掛著一紙黃帝神位字樣，神位下面是一張八仙桌，一束香余煙繚繞，彌漫著神秘的氣氛。桌下擺著兩個草墊子，盛著酒的白瓷器皿已滴入剛殺的雞血，陳獨秀隨楊篤生跪在草墊上，宣讀誓詞。讀畢，又隨楊君將血酒一飲而盡。隨后幾日，陳獨秀和楊篤生一起向鐘憲鬯學制造炸彈。 
　　這次陳獨秀在上海時間不長，當月回到蕪湖。   
　　吳越犧牲(1)   
　　1904年秋，房秩五由安慶去日本，順路到蕪湖與陳獨秀敘別。房秩五來了后，天氣轉陰。陳獨秀對房秩五說：“你是天留客。”秋雨淅淅瀝瀝下了三日，兩人縱談天下事，一連談了三日。第四天，云開日出，陳獨秀幫房秩五提著包袱，送他上船。“留人別館三秋雨，送我晴江萬里波。”船到江心，房秩五仍能看到衣冠不整的陳獨秀立在岸邊，向他揮手。 
　　桐城人李光炯、無為人盧仲農將安徽旅湘公學移到蕪湖，改為安徽蕪湖公學(安徽公學)。受聘在安徽公學講課的有柏烈武、陶成章、張伯莼、劉師培等人。陳獨秀也兼任安徽公學國文教師。陳獨秀上課，不拘小節，有時一邊上課，一邊搔癢。 
　　什么綱常名教、師道尊嚴，全不放在眼里。堂下鴉雀無聲，學生個個聽得津津有味。受陳先生影響，學生寫作業時也常冒出“新”思想。一日，陳獨秀批改作業，見一個學生作詩“屙屎撒尿解小手，關門掩戶圈柴扉”，不禁哈哈大笑。他用毛筆在一旁批了 “詩臭尿腥”四個字，然后又加了兩句詩：“勸君莫做詩人夢，打開寒窗讓屎飛。” 
　　這時，蘇曼殊也來到了蕪湖。他在上海和陳獨秀分手后，去香港投靠陳少白，因誤會受到冷遇，加上婚姻挫折，氣頭上去廣東惠州剃度為僧，當了和尚。但他凡性未滅，偷了已故師兄博經的度牒逃之夭夭。陳獨秀推薦蘇曼殊作國畫教員，他認為，蘇曼殊作畫叫人看了如咫尺千里，令人神往，不像庸俗畫家浪費筆墨。陳獨秀常以詩僧、畫僧稱他。 
　　蘇曼殊與劉師培也是老熟人，到蕪湖后就住到了劉家。劉師培夫人何震喜歡蘇曼殊的畫，三番五次要拜蘇曼殊為師。閑時，蘇曼殊與懷寧人鄧繩候常相過從。鄧繩候在皖江中學教書，是完白山人鄧石如重孫，詩文書法俱佳，兩人“共晨夕者彌月”。鄧繩候曾寫詩送蘇曼殊：“寥落枯禪一紙書，欹斜淡墨渺愁予；酒家三日秦淮景，何處滄波問曼殊。” 
　　年底，胡子承給汪孟鄒寫信，希望改良《安徽俗話報》，說：“鄙人甚敬此報，甚愛此報，而又不敢隨聲附和此報，意欲更圖改良，立定宗旨，可乎？請與仲翁等商之。”陳獨秀聽說胡子承講的宗旨是“辭旨務取平和，萬勿激烈”，生氣地說：“我辦《安徽俗話報》時就立下宗旨，讓皖人通達時事，長點見識。胡先生連‘自由婚姻’都容不下，還不如不辦的好。”汪孟鄒忙勸解說：“胡先生講你‘血性過人’，一點不假，他提出改良，并未叫你一定照他的意思。” 
　　蘇曼殊生性喜歡漂泊不定，浪跡天涯。1905年6月，蘇曼殊去日本江戶。臨行前，作《東行別仲兄》詩一首，詩云：“江城如畫一傾杯，乍合仍離倍可哀。此去孤舟明月夜，排云誰與望樓臺。”送走蘇曼殊，回到科學圖書社小閣樓，陳獨秀看看蘇曼殊墨跡未干的詩，對汪孟鄒說：“蘇曼殊專四言絕句，發人深思，字里行間別有洞天。” 
　　“聽說蘇曼殊向你學過詩？”汪孟鄒問。 
　　“在上海，他突然要學做詩，但平仄和押韻都不懂，常常要我教他。”提起往事，陳獨秀興趣大增：“子谷做了詩要我改，改了幾次，便漸漸的能做了。照曼殊的歷史講起來，能夠成就到如此地步，真是不容易的。他實在是一個天才。” 
　　夏天，安徽公學附設安徽公立速成師范學校，李光炯、盧仲農請房秩五到蕪湖主持。陳獨秀應家在壽州的體育教師柏文蔚之邀，和王靜山、方健飛、宋少俠等人利用暑假去淮上一游。 
　　從淮上旅行回來，一日，吳孟俠(吳越)和趙聲來訪陳獨秀。吳越自前年到上海見到了陳獨秀，從此和陳獨秀一直書信往來。陳獨秀問他：“還在保定辦《直隸白話報》?”吳越搖頭，說：“同胞們都在做彌天大夢，辦報紙是遠水解不了近渴。 
　　我已和馬鴻亮等人組織了北方暗殺團，決意親手殺幾個清朝大臣，以喚醒同胞已死之心。” 
　　趙聲對陳獨秀說：“孟俠被推舉為北方暗殺團支部長。”陳獨秀聽了連連點頭，說：“去年11月萬福華案后，章炳麟、龔寶銓、蔡元培、陶成章把暗殺團改為光復會，我也贊同。我一向主張用武力推翻清朝，只是行動要小心。”吳越說：“好在我沒有妻子兒女，只有老父親有些舍棄不下。這次我回桐城，上了一趟龍眠山老家的墳山。”“不可膽怯，也不可粗心，行動前要作縝密考慮，接受萬福華的教訓。”送吳越、趙聲出門時，陳獨秀一再提醒吳越。吳越、趙聲走后，陳獨秀書寫了一幅對子，“推倒一時豪杰，擴拓萬古心胸”。不久，《安徽俗話報》因刊載一則反英消息，觸怒了英國駐蕪湖的領事，該領事脅迫蕪湖地方當局勒令停辦《安徽俗話報》。 
　　9月底，留在安徽公學教書的陳獨秀聽到傳聞，北京火車站發生刺殺五大臣未遂事件，五大臣中僅載澤、紹英受輕傷。刺殺者當場身亡，因血肉模糊，至今官方不知刺殺者為誰云云。陳獨秀大吃一驚，立即給在保定高等學堂讀書的張嘯岑去信：“北京店事，想是吳先生主張開措，關于吳兄一切，務詳告。” 
　　事情發生在9月24日，這天出洋考察憲政的載澤、紹英、端方、戴鴻慈、徐世昌五大臣出都。楊篤生是隨員，事前通知了吳越。早上，北京正陽門火車站戒備森嚴，吳越身揣紅布包裹著的自制炸彈不能靠近，臨時買一套無頂紅纓官服穿在身上，裝成隨員，在火車啟動之際，登上了窗簾裝飾富麗堂皇的五大臣專車。吳越尚未立穩腳跟，火車突然開動，猛然的震動使吳越措手不及，將胸前的炸彈引爆。