幾十億年前,4種旋轉、跳躍于我們的地球上的分子,像是突然有了意志一般,以我們至今仍難以設想的方式優雅地組成了DNA雙螺旋結構,為我們星球上的生命提供了遺傳密碼。這4種物分子分別是腺嘌呤、鳥嘌呤、胞嘧啶、胸腺嘧啶,我們通常用A、G、C、T這四個字母來分別表示這4種天然堿基。在正常情況下,當兩條DNA鏈以雙螺旋的形式纏繞在一起時,每條鏈上的堿基會相互成鍵配對:A對T,C對G。
現如今,一篇最新發表在《科學》期刊上的研究表明,這種生命的組成成分已經從4個變成了8個!科學家成功地創造出了也能對遺傳信息進行存儲與轉錄的合成堿基。從理論上看,這些擴展出的合成堿基也可用于支撐生命。
這是一項里程碑式的成果。因為它從側面表明,與地球上的生命進化息息相關的4種天然堿基,并無什么特殊的魔力。
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其實,科學家從很久以前就開始思考是否只有這4種堿基才能成為構成生命的基礎,他們嘗試將更多的堿基添加到遺傳密碼中。早在20世紀80年代,領導了這次研究的化學家Steve Benner就首次創造出了“非自然”的堿基。自那之后,許多不同的研究小組也相繼開展了這類研究。
那么新的研究有什么特別之處呢?它首次系統性地證明了,非自然堿基也能像自然堿基那樣相互識別與結合,并且能形成可自我維持的穩定的雙螺旋結構。研究人員通過調整普通堿基的分子結構,創造出了這些合成堿基。
我們知道,DNA的堿基配對是源于堿基之間有氫鍵形成:每一個堿基的氫原子,會被與它們對應的“拍檔”身上的氮原子或氧原子吸引。通過調整這些分子,研究人員發現了幾對新的堿基,其中一對被命名為B和S,另一對名為P和Z。
○ 全新的8堿基遺傳系統的結構。四種天然的堿基分別是G(綠色)、A(紅色)、C(藍色)和T(黃色),四種合成的堿基分別是B(青色)、S(粉色)、P(紫色)、Z(橙色)。 | 圖片來源: Indiana University School of Medicine
研究人員將這4種額外的合成堿基與4種標準的天然堿基結合在一起,稱這個8堿基系統為“Hachimoji”,意為“八文字”(Hachi在日語中是八的意思,moji為文字)。4個合成堿基在形狀上與4種天然堿基相似,只是在結合模式上存在一些不同。他們進行了一系列的實驗,最后證明——合成的DNA序列與維持生命所必需的自然DNA具有相同的特性。
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我們可以從三個方面來了解這些合成堿基的特性。
首先,作為一個信息存儲系統,DNA必須遵循可預測的規則。因此他們先要證明合成堿基與普通堿基類似,能穩定可靠地成對。他們制造了數百個合成DNA分子,發現這些合成的堿基可以按預期規則那樣,與各自的“拍檔”穩定成對。
接著,他們發現無論合成堿基在DNA中以何種順序排列,都能保持DNA的穩定的雙螺旋結構。他們創造了三種不同序列的合成DNA,利用X射線衍射檢測,發現這三種DNA在結晶時都維持了不變的結構。
這是非常重要的一點很重要,因為生命進化的在于DNA的變化,而若要進化能得以進行,那么DNA序列就必須能在整體結構不遭到破壞的情況下發生變化。這是本次研究的一個重大飛躍,其他一些擴展堿基的方法都無法維持整體結構上的穩定。在那些方法中,研究人員使用的不是以氫鍵配對的化學物質,而是用疏水分子來做堿基。這樣的堿基只能被間隔地安插在自然堿基之間,如果要將它們排成一排,DNA分子的整體結構就會瓦解。
最后,研究小組證明了合成的DNA可以被如實地轉錄成RNA。這也是至關重要的一點。因為將DNA轉化為RNA是將遺傳信息轉化為蛋白質的關鍵步驟,而蛋白質是我們生命的支柱。
○ “八文字”DNA和“八文字”RNA的8個核苷酸被設計成4個大小互補和氫鍵互補的對。
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這項研究所取得的突破是概念性的,它清晰地表明了生命可以由不同于我們已知的那四種DNA堿基支撐。這對我們在宇宙的其他地方搜索生命跡象具有很大的參考意義。
除了可用于尋找宇宙生命之外,這種含有額外堿基的DNA鏈還有著很多更實際的應用。通過將堿基種類的數量增加到8個,DNA序列的多樣性將大大增加,所能存儲的遺傳信息也將大大增多。除了信息存儲之外,含有8種堿基的DNA還能更具體地與特定的目標結合。例如在之前的研究中,Benner的研究小組就發現含有Z和P的DNA鏈,比只含有標準的四堿基DNA鏈能更好的與癌細胞結合。
這是第一次展示含有8種不同堿基字母的DNA,這非常了不起,這是一個令人興奮的起點。但與此同時,要實現一個真正的“八字母“合成基因系統,或許還有很長的路要走。例如在實際應用中,研究人員需要提高RNA復制和轉錄的準確性和效率。Benner的研究團隊還在開發更多的新的堿基對,這為創造出含有給更多堿基字母的DNA提供了可能。
參考來源:
[1] http://science.sciencemag.org/content/363/6429/884/tab-figures-data
[2] https://www.nature.com/articles/d41586-019-00650-8
[3] https://www.livescience.com/64829-hachimoji-dna.html
文章來源:原理
IEEE Spectrum
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