Protel 99SE具有豐富的設計功能，能進行原理圖的設計、印制電路板的設計、PCB板的設計等功能，現對其進行介紹：Protel 99SE采用數據庫的管理方式。Protel 99SE軟件沿襲了Protel以前版本方便易學的特點，內部界面與Protel 99大體相同，新增加了一些功能模塊，功能更加強大。新增的層堆棧管理功能，可以設計32個信號層，16個地電層，16個機械層。新增的3D功能讓您在加工印制版之前可以看到板的三維效果。增強的打印功能，使您可以輕松修改打印設置控制打印結果。Protel 99SE容易使用的特性還體現在“這是什么”幫助，按下右上角的小問號，然后輸入你所要的信息，可以很快地看到特性的功能，然后用到設計中，按下狀態欄末端的按鈕，使用自然語言幫助顧問。一款不錯的有關電子方面的設計軟件， Protel 99SE具有豐富的設計功能，可以進行多種設計，而且新增了幾種新的管理功能，功能十分強大。
