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一種DNA測(cè)序糾錯(cuò)算法.pdf

  • 資源大小:414 K
  • 上傳時(shí)間: 2023-11-02
  • 上傳用戶:1208020161
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  • 標(biāo)      簽: 測(cè)序

資 源 簡 介

摘 要: 提出了一種新的測(cè)序糾錯(cuò)算法.該算法在對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)拼接之前對(duì)其進(jìn)行檢查,找出并修正測(cè)序序列中 的錯(cuò)誤.該算法將測(cè)序數(shù)據(jù)映射成歐拉超路,并通過一種稱為合并變換的等價(jià)變換,通過一系列規(guī)則的限制和引 導(dǎo),動(dòng)態(tài)地對(duì)歐拉超路進(jìn)行簡化.在此過程中,該算法將錯(cuò)誤的邊和正確的邊對(duì)應(yīng)起來,再通過替換糾錯(cuò)過程消除 錯(cuò)誤.在對(duì) T.tengcongensis(TT)和 T.whipplei(TW)兩個(gè)數(shù)據(jù)集的測(cè)試過程中,這種方法分別找出并修正了 86%和 83%的錯(cuò)誤,而原歐拉序列拼接中的糾錯(cuò)算法對(duì)這兩組數(shù)據(jù)集的糾錯(cuò)結(jié)果只有 71%和 53%. 關(guān)鍵詞: 糾錯(cuò);序列拼接;DNA測(cè)序;歐拉超路;合并變換 中圖法分類號(hào): TP391 文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼: A

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